Après une 1re rénovation entre 1985 et 1992, la RATP entreprend une seconde rénovation des rames MS61 entre 2006 et 2009. Cette nouvelle rénovation se distingue notamment par un nouvel aménagement intérieur (nouvel éclairage, sièges anti-lacération, plans dynamiques SISVE), de nouvelles girouettes à diodes orange et une nouvelle face avant similaire à tous les trains.

Les trains nouvellement rénovés ne circuleront que 10 ans (voire moins pour certains), jusqu'à leur réforme totale en 2016, après 49 ans de circulation sur le due à l'arrivée des trains MI09 sur cette ligne.